Членовете на Управителния борд се назначават от Съвета след консултации с Европейския парламент въз основа на кратък списък, изработван от Европейската комисия след покана за изразяване на интерес.
Управителният борд се състои от 15 членове, които имат широк обхват на експертиза, свързана с хранителната верига, но по никакъв начин не представляват правителство, организация или сектор. Четирима от членовете имат опит в организации, представляващи потребителите и други интереси в хранителната верига. Европейската комисия също има представителство в Борда.
Управителният борд няма влияние върху научните съвети на EFSA, това е отговорност единствено на научните панели и научния комитет на Органа. За опазване на независимостта на научната си работа, EFSA въведе стриктна политика по деклариране на интереси.
Всички съвещания на Управителния борд се провеждат открито и могат да се наблюдават на живо в Интернет на четири езика. Все пак, поверителните административни проблеми, като например сградите или охраняването се разглеждат на закрити заседания. Освен това, документите на Борда се публикуват на уебсайта на EFSA преди провеждането на заседанията.