Панелът по Биологични опасности (BIOHAZ) е изготвил научно становище относно оценка на методите за молекулярно типизиране на основните микробиологични агенти с произход храните и тяхното използване при проучване, моделиране и надзора на епидемичните взривове, предизвиквани от тях. Становището съдържа следните технически задания: 1. Преглед на информацията и на основните методи, използвани за молекулярно типизиране, като пълен геномен секвентен анализ (WGS), молекулярно характеризиране и методи на субтипизиране на патогените, произтичащи от храните, като Salmonella, Campylobacter, Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) и Listeria в контекста на възможностите за определяне на тяхната разграничителна способност, възможност за възпроизводимост на резултатите, на тяхното международно признаване и хармонизация. 2. Преглед на възможността за приложение на методите при различните патогени, включително и субтипизиране на методичните подходи (на методите за анализ на данните) за проучване на епидемичните взривове, причинени от храните, като бързо идентифициране на инфекциозните агенти, моделиране на потенциала им да предизвикват хранителни епидемични взривове и на възможностите за съпоставяне на данните от изследванията при оценката на риска от тях.
Използвани са бактериални изолати с източник хора, храни, животни и околна среда, които вече са били характеризирани до ниво род или вид. Панелът BIOHAZ подчертава, че дори и при високата си резолюция на детерминиране молекулярните методи на анализ като WGS (Whole genome analysis), не са в състояние да установят колко тясно два изолата са свързани помежду си без преценка и отговор на въпроса за структурата и различията в бактериалната популация като цяло. За това в бъдеще данните за характеризиране на щамовете микроорганизми трябва да бъдат обвързани с данните от епидемиологичните проучвания. Нещо повече, за да може по-правилно да се оценяват методите за типизиране, то резултатите от молекулярното характеризиране на щамовете следва да се обвързват с епидемиологичните данни и да се оценява статистически представителността им в популацията от микроорганими. Задължително се изисква международно хармонизиране на молекулярно-биологичните методи от гледна точка на тяхното стандартизиране или използване на подходящи процедури за управление и контрол на качеството.
За оценка на молекулярните методи за типизиране Панелът BIOHAZ разработи критерии за определяне, на основата на изискванията от първото техническо задание. Тези критерии включват: (i) Капацитет за диференциране (включително и степента на диференциране на щамовете от различните генотипове), (ii) възпроизводимост и повторяемост на резултатите (в това число постоянство на резултата, получени във времето и между различните лаборатории на изпитване), (iii) международно хармонизиране (в областта на възможностите за използване на стандартни оперативни процедури, система на външна оценка на качеството, хармонизирана номенклатура и методи за управление на данните), и (iv) потенциал за бъдещо международно уеднаквяване на неуеднаквените критерии до момента.
Следвайки тези критерии Панелът BIOHAZ заключава, че методите за молекулярно типизиране дават идеални възможности за разграничаване, възпроизводство на резултатите, възможности за международно хармонизиране, уеднаквяване на резултатите, намаляване на риска от излагане на опасности от поддържането на множество образци от еталонни патогени в лабораториите. Не съществува един единствен метод за фенотипно или молекулярно-биологично определяне на микроорганизмите, което може да покрие разнообразието от тези очаквания. Най-често се използват методът на мулти локусно секвентно типиране (multi locus sequence typing - MLST), полиакриламид гел-електофореза с пулсиращ токов импулс (Pulsed-field gel electrophoresis - PFGE) и пълен геномен секвентен анализ (Whole genome sequence analysis – WGS). Очаква се в бъдеще методите, основаващи се на WGS напълно да заменят повечето методи използвани в референтните лаборатории на ветеринарната или хуманно-медицинската практика. Съществена предпоставка за подобряване на изследванията е възможността за използване на методи, осигуряващи контрол на качеството и устойчивост на генерираните молекулярно-биолгични данни, подкрепени от високото качество, поддръжка и генериране на биоинформационни данни за целите на анализа.
Заключение:
Панелът BIOHAZ счита, че
1. Установяването на епидемични огнища, предизвиквани от микроорганизми произхождащи от храни и тяхното проучване в реално време може да бъде улеснено от генерирането на напълно сравними молекулярно - биологични методи на изследване, както за ветеринарни, така и за хуманномедицински цели.
2. Повечето от молекулярните методи за типизиране, като MLST, PFGE, Multi locus variable tandem repeat analysis (MLVA) са стандартизирани в голяма степен в международен мащаб и се използват широко за откриване и проучване на епидемични взривове, предизвиквани от микроорганизми с произход храните и представляващи заплаха за здравето на консуматорите.
3. Хармонизирането на методите на изследване на международно равнище с използване на стандартни оперативни процедури, система на външна оценка на качеството, хармонизирана номенклатура и методи за управление на данните в референтните лаборатории позволяват използването им при проучване и надзора на епидемичните взривове причинени от тези микроорганизми
.
София,
14.01.2014 г.
Изготвил:
Проф. д-р Георги Георгиев – експерт в ЦОР/БАБХ
